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万博max手机登录注册药学院在药物转运体数据平台构建方面取得重要进展

发布时间:2022-04-25   浏览次数:0

药物转运体对药物在体内的吸收、分布和清除过程具有决定性作用,其三维结构可变性数据可为合理用药研究及精准医疗提供关键信息。当前,合理药物设计对药物转运体结构可变性数据需求逐渐增大,但现有在线资源缺乏对转运体结构可变性数据的系统描述。针对这一现状,药学院青年教师张阳积极与浙江大学药学院朱峰教授团队展开合作,开展了药物转运体三维结构可变数据平台(VARIDT 2.0)的构建研究。

转运体为介导物质跨膜转运的膜蛋白,其晶体结构解析相对困难,该数据平台的构建,可提供四个方面的转运体结构可变性数据:(1)突变引起的转运体空间折叠状态变化;(2)人和模式生物之间的转运体结构差异;(3)转运体的outward/inward-facing构象;(4)外源性物质驱动的转运体结构变化。这些数据扩展了转运体蛋白结构覆盖率,实现了多方面的结构可变性数据交叉分析,对理解药物的选择性、转运机制,预测药物-药物相互作用,衔接临床前研究与临床试验等方面具有重要意义。并为相关转运体结构及功能研究提供大量的结构基础,为AI辅助的精准医疗实现提供数据支持。

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Figure 1. The structural variability data of drug transporter (DT) updated to the VARIDT 2.0. 

(a) the mutation-induced spatial variations in folded state; (b) the difference among the DT structures of human and model organisms; (c) the outward/inward-facing conformations of the transporting cycle; (d) the xenobiotics-driven alterations in 3D complex.

VARIDT 2.0还提出了转运体结构模型的综合评估策略,为膜蛋白的模型质量评价提供了新思路和方法参考。该项研究于近期在线发表于《Nucleic Acids Research》杂志(IF = 16.9)。此外,为了方便用户访问和分析,VARIDT 2.0对收集的原始数据进行仔细核对和标准化,实现了与其它主流数据库的交叉链接;并且在相应转运体页面中还提供了AlphaFold和SWISS-MODEL预测结构的超链接,便于参考其他有价值数据。